I. Enam pilar dalam logo merupakan simbol para pendiri dan penegak Pondok Pesantren Terpadu Miftakhul Ulum Al-Yasini, di antaranya:
KH Yasin Abdul Ghoni
Bu Nyai Chusna
KH. Imron Fatchullah
M. Ali ridho kholil
Bu Nyai Zakiyah
KH. A. Mujib Imron, SH dan keluarga besar Al-Yasini
Enam pilar tersebut berwarna hijau menunjukkan bahwa para kyai adalah Nahdhotul Ulama.
II. 1994 merupakan tahun berdirinya MTs Al-Yasini, warna merah memberi arti sebuah simbol keberanian, kekuatan dan energi, juga gairah untuk melakukan tindakan (action).
III. Kata “MTs Al-Yasini” berwarna kuning emas memiliki makna kejayaan dan penuh akan energi.
IV. Adanya logo “Pondok Pesantren Terpadu Miftakhul Ulum Al-Yasini”, karena MTs Al-Yasini berada dalam naungan Pondok Pesantren Terpadu Miftakhul Ulum Al-Yasini.
V. Warna Hijau Kecoklatan merupakan wadah bagi santri untuk hidup dan tumbuh, dominasi warna ini akan memberi kehangatan dan rasa bahagia dan seolah ingin menimbulkan hasrat untuk belajar. Dengan kata lain warna ini juga mengandung makna optimis.
VI. Peta Indonesia dalam logo tersebut merupakan bukti perjuangan dan eksistansi, karena santri MTs Al-Yasini berasal dari berbagai daerah di Indonesia.
Peta Indonesia berwarna hitam memiliki arti ketenangan dan dominasi, keteguhan, kekuatan dan keteguhan hati.
VII. Logo MTs Al-Yasini berbentuk sebuah perisai pada bagian bawah kecil dan lancip sedangkan pada bagian atas semakin besar dan luas, ini merupakan gambaran bahwa MTs Al-Yasini semakin bertambahnya usia semakin besar, maju dan berprestasi.
