Pondok Pesantren Terpadu Al-Yasini dirintis oleh KH. Yasin Abdul Ghoni sekitar tahun 1940 M. seiring dengan pesatnya perkembangan Pondok Pesantren Al-Yasini
maka dipandang perlu untuk mendirikan lembaga pendidikan pesantren, sehingga
tak lama kemudian yaitu pada tahun 1984 M dibukalah Madrasah Mu’allimat yang
pada saat itu masih dikhususkan untuk santri putri, kemudian pada Tahun Pelajaran
2001/2002 M Madrasah Mu’allimat ini direkonstruksi menjadi Madrasah Salafiyah Al-
Yasini untuk menghadapi perubahan zaman yang begitu cepat dan antusiasme
masyarakat yang semakin meningkat dalam bidang pendidikan maka pengelola
Yayasan mendirikan lembaga pendidikan Madrasah Tsanawiyah Al-Yasini. Hal ini juga
dikarenakan Pemerintah telah merencanakan Program Wajib Belajar Pendidikan Dasar
(Wajar Dikdas) 9 Tahun. Madrasah Tsanawiyah Al-Yasini (MTs.A) sebagai lembaga yang
tepat untuk merespon program pemerintah tersebut. Madrasah Tsanawiyah Al-Yasini
didirikan pada tahun 1994 M dengan Nomor Statistik Madrasah dan Nomor Pokok
Sekolah Nasional (NSM/NPSN) 121 235 140 104/ 20549531