Pondok Pesantren Terpadu Al-Yasini dirintis oleh KH. Yasin Abdul Ghoni sekitar  tahun 1940 M. seiring dengan pesatnya perkembangan Pondok Pesantren Al-Yasini

maka dipandang perlu untuk mendirikan lembaga pendidikan pesantren, sehingga

tak lama kemudian yaitu pada tahun 1984 M dibukalah Madrasah Mu’allimat yang

pada saat itu masih dikhususkan untuk santri putri, kemudian pada Tahun Pelajaran

2001/2002 M Madrasah Mu’allimat ini direkonstruksi menjadi Madrasah Salafiyah Al-

Yasini untuk menghadapi perubahan zaman yang begitu cepat dan antusiasme

masyarakat yang semakin meningkat dalam bidang pendidikan maka pengelola

Yayasan mendirikan lembaga pendidikan Madrasah Tsanawiyah Al-Yasini. Hal ini juga

dikarenakan Pemerintah telah merencanakan Program Wajib Belajar Pendidikan Dasar

(Wajar Dikdas) 9 Tahun. Madrasah Tsanawiyah Al-Yasini (MTs.A) sebagai lembaga yang

tepat untuk merespon program pemerintah tersebut. Madrasah Tsanawiyah Al-Yasini

didirikan pada tahun 1994 M dengan Nomor Statistik Madrasah dan Nomor Pokok

Sekolah Nasional (NSM/NPSN) 121 235 140 104/ 20549531